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无创性产前分子核型分析之样品处理

发布时间:2014-11-16 22:15 类别:产前DNA检测

样品处理和DNA提取

外周血样本在1600克离心10分钟,在4°C和等离子体部分为10分钟,在4℃下在16000克recentrifuged[17]。我们的QIAampDSPDNA血液迷你试剂盒(Qiagen)从1.8至8.4毫升母体血浆中提取细胞游离DNA,如前所述[3]。针对瘦素(LEP)的基因,按如前所述[18]由一个实时PCR检测所提取的血浆DNA进行定量。

血浆DNA测序

我们准备血浆DNA测序文库的配对末端测序样品制备试剂盒(Illumina公司)如前所述[19]。由于变量可用母体血浆量,我们的目的是有一个相对一致的文库制备血浆DNA输入量。因此,我们用13至20毫微克的提取血浆DNA文库制备,相当于从1.5到2.2毫升母体血浆提取。适配器结扎血浆DNA富集了12个循环的PCR。执行集群生成一CBOT克隆扩增系统(Illumina公司)与PETruSeq集群生成工具包V3(Illumina公司)。每个库(测试和参考样本)进行测序的一条车道上的HiSeq2000测序系统(Illumina公司)在配对末端50个基点×2格式的流通池。序列数据已经存放在欧洲基因组Phenome的存档(EGA),主办欧洲生物信息研究所(EBI)下,加入EGAS00001000439中。

序列比对和筛选

配对末端读取掩盖人类参考基因组(NCBI生成36.1/hg18)使用短寡核苷酸对准计划2(SOAP2)我们允许每个成员的配对末端读取两个核苷酸错配。只有配对末端读取以正确的方向对齐到同一染色体的两端,跨越刀片尺寸≤600bp的下游分析。我们也去掉重复的读取被定义为配对末端读取人类基因组中相同的起始和结束位置。